Kehadiran FKIP UNUGHA,tidak bisa di pisahkan dengan keberadaan Yayasan Badan Amal Kesejahteraan
Ittihadul Islamiyah (Ya BAKII) karena lembaga perguruan tinggi ini berdiri atas inisiasi Ya BAKII bersama perkumpulan NU. Usaha membantu pemerintah dalam rangka mencerdaskan kehidupan Bangsa melalui jalur formal, telah dilaksanakan oleh Ya BAKII sejak usia berdirinya, tahun 1971. Hingga saat ini ini Ya BAKII telah memfasilitasi pendidikan pra Sekolah hingga Perguruan Tinggi dengan total jumlah lembaga sebesar 49 lembaga. Kehadiran UNUGHA Cilacap bukanlah merupakan gagasan baru, karena
gagasan mendirikan jenjang pendidikan tinggi telah dirintis dan diupayakan sejak dioperasionalkanya Institut Agama Islam Imam Ghozali (IAIIG) tahun 1989. Motivasi untuk memberikan kebermanfaatan yang lebih luas maka sejak 23 Juli 2014 bersanding dua perguruan tinggi secara terpadu. Rencana penggabungan dua perguruan tinggi juga dilakukan secara sistematis oleh Ya BAKII. Sebagai dua perguruan tinggi yang terpadu dalam satu pengelolaan maka infrastruktur sarana dan prasarana akademik dan non akademik digunakan secara bersama. Pada titik-titik tertentu ada pemisahan pengelolaan seperti pada ranah administrasi keuangan, administrasi akademik, dan kepegawaian hingga nantinya upaya penyatuan telah terjadi. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) menyelenggarakan 2 program studi yaitu (1) Program Studi Bimbingan dan Konseling (BK) dan (2) Pendidikan Guru SD (PGSD).
